目的：探究孤独症谱系障碍治疗中经颅磁刺激技术的作用机制及应用效果。方法:选择本院儿童青少心理医学中心康复部2022年收治孤独症谱系障碍患儿30例进行研究（纳入观察组），回顾性选择2021年儿童青少心理医学中心康复部收治孤独症谱系障碍患儿30例作为参照对象（纳入对照组）。观察组联用经颅磁刺激技术治疗。对照组单以常规方案治疗。比较两组临床疗效以及治疗前后PEP-3量表、Gesell量表得分。结果:观察组临床有效率较对照组高（P<0.05）。观察组治疗后PEP-3量表各项指标得分均较对照组高，Gesell量表各项指标得分均较对照组低（P<0.05）。结论:孤独症谱系障碍治疗中，经颅磁刺激技术治疗效果显著，可有效改善患儿发育，矫正其认知行为，促进康复，值得推广。