在我国社会经济改革发展中，为了减轻企业资金压力，调整企业组织结构，推动企业更好发展，国家相关部门发布了增值税留抵退税政策，这对企业改革发展有着现实性意义。水务投资企业是主要从事水利工程项目开发、建设、运行管理等工作的主要产业，对国家水利事业发展有着重要影响。在水务投资企业经营管理中，其可以结合国家政策改革发展要求，通过引进增值税留抵退税政策，可以为企业资金管理工作顺利进行提供支持，帮助企业确定改革发展方向，及时优化经济组织框架，推动企业健康发展。但是在水务投资企业改革发展中，因为对增值税留抵退税政策内容了解不全面，认识不到位，在实际应用中容易面临一些风险问题。基于此，本文就以增值税留抵退税政策为探究重点，进一步分析企业在使用增值税留抵退税政策中存在的风险问题，通过对不同问题产生原因的调查，提出了相应的防控措施，具体内容如下。