近年来,行政事业单位内控管理和预算绩效管理是国家大力推进和积极倡导的重大改革事项,从改革目标、建设内容和要求等方面,预算绩效管理和内控管理都具有密不可分的关系。预算绩效管理涵盖和贯穿了预算编制、预算执行与分析、预算调整、预算绩效评价等全流程,是内控管理的起点、目标和核心内容;内部控制更注重单位内部管理和财务监督,是预算绩效管理有效实施的重要保障。本文探析了行政事业单位预算、绩效、内控三者之间的有机结合关系,并进行了分解细化,同时提出了预算绩效内控一体化过程中执行难点和问题,对此提出了完善建议和对策,为实现组织目标,以期提供合理借鉴。