目的比较两种方法检测痰液和支气管肺泡灌洗液（BALF）中结核分枝杆菌（MTB）的阳性检出率，评价两种样本在诊断肺结核时应用价值。方法收集肺结核疑似病例BALF和痰液，使用荧光染色涂片和GeneXpertMTB检测，采用χ2检验，比较两种方法在两类样本中的阳性检出率。结果所有样本荧光染色涂片和GeneXpert MTB阳性率分别为11.00%(200/1818)、44.74%(281/628)，差异有统计学意义；所有痰液和BALF阳性率分别为18.81%（355/1887）、22.54%（126/559），差异无统计学意义；相同患者痰液荧光染色涂片和GeneXper-tMTB阳性率分别为34.46%（122/354）、46.04%（163/354），差异有统计学意义；相同患者BALF荧光染色涂片和GeneXper-tMTB阳性率分别为1.88%（4/213）、42.25%（90/213），差异有统计学意义；相同患者痰液和BALF荧光染色涂片阳性率分别为13.30%（29/218）、2.75%（6/218），差异有统计学意义；相同患者痰液和BALFGeneXpertMTB阳性率分别为36.37%（24/66）、60.61%（40/66），差异有统计学意义。结论相同样本类型，G-eneXpertMTB阳性检出率高于荧光染色法；荧光染色法检测痰液阳性率高于BALF，GeneXpertMTB检测BALF阳性率高于痰液，不同样本类型采用两种方法联合检测可提高MTB阳性检出率。