目的：分析在功能性消化不良患者治疗期间应用莫沙必利与马来酸曲美布汀进行联合治疗的治疗价值。方法：在2018年11月~2020年11月期间入院进行治疗的功能性消化不良患者中选取100例作为研究对象，选取数字随机列表法将其分为两组，其中，对照组给予莫沙必利治疗，研究组给予莫沙必利与马来酸曲美布汀进行联合治疗，记录并对比两组患者临床效果。结果：在治疗效果方面，研究组有效率高于对照组；在临床指标方面，经过治疗，两组患者血浆胃动素与P物质指标均有所提升，且研究组高于对照组；在胃电图参数方面，经过治疗，两组患者临床指标均有所改善，且研究组优于对照组，在治疗满意度方面，研究组高于对照组，针对研究数据，以P<0.05，表示差异具有统计意义。在不良反应情况方面，以P>0.05，表示差异无统计价值。结论：在功能性消化不良患者治疗期间，通过使用莫沙必利与马来酸曲美布汀进行联合治疗，对于患者治疗效果的优化具有积极价值，值得推广应用。