目的：探究免疫荧光法应用于小儿上呼吸道感染中对患儿微生物的检查结果，分析患儿的微生物特点，并为临床治疗方式提出相应的指导。方法：本次研究实验时间段设置为2017年12月至2018年9月，在该时间段内录入我院中收入的呼吸道患儿90例患儿作为实验样本。对所有患儿进行细菌培养并分析其菌株特点以及构成比，探究菌株的耐药性。结果：实验结果中显示90例菌株中共有52（57.78%）例革兰阴性菌，其中包括21例大肠埃希菌，占比最高，为40.38%。其余38例患儿为革兰阳性菌感染，占比为42.22%，其中以鸟肠球菌和粪肠球菌为主。结论：小儿上呼吸道感染在本院所在区域，主要以革兰阴性菌为主，而其中感染病菌主要以大肠埃希菌为主，革兰阳性菌感染例数较少，在感染时主要以鸟肠球菌和粪肠球菌为主。在实际临床应用时，还需要根据当地的环境以及区域进行抗菌药物合理选择，这样能够避免二重感染或耐药菌株的产生，对于患儿治疗来说有积极意义。