目的：探讨药物治疗在巧克力囊肿手术后的应用效果，以及对疾病复发的影响。方法 将90例于2018年6月－2020年6月期间我院收治的巧克力囊肿患者纳入研究，并以等量电脑随机法均分成A、B、C三组。所有患者均接受单/双侧卵巢肿物剥除术治疗，术后予以A组达菲林治疗，B组孕三烯酮治疗，C组米非司酮治疗，并对比治疗效果。结果 治疗后在血清性激素水平FSH（卵泡刺激素）、LH（黄体生成素）、P（孕酮）、E2（雌二醇）指标水平对比上，A组与B、C组有较大差异，对比有统计学意义（P<0.05）。药物不良反应发生率及疾病复发率对比，A组均显著低于C组，且对比均有统计学意义（P<0.05）。结论 将达菲林应用到巧克力囊肿手术治疗后，可快速改善患者血清性激素水平，并降低疾病复发率，同时治疗安全性较高，有利于疾病预后质量的改善与提升。