目的：分析微生物检验在疾病预防中的应用方法与效果。方法：本次总共纳入88例实验对象，均是2020.01月至2022.01月来我院诊治的住院患者，利用随机数表法分为对照组（常规检验，n=44）与实验组（微生物检验，n=44）。对比分析两组的检验结果及检验满意度。结果：实验组的院内感染疾病发生率显著低于对照组，差异有统计学意义（P＜0.05）。实验组的轻度感染率高于对照组，重度感染率低于对照组（P＜0.05）；两组的中度感染率差异无统计学意义（P＞0.05）。44例实验组患者经微生物检验后，总共发现12株病原菌，其中大肠埃希菌5株（41.67%），肺炎克雷伯杆菌3株（25.00%），铜绿假单细菌2株（16.67%），金黄色葡萄球菌2株（16.67%）。在检验满意度上，与对照组相比，实验组明显更高，对比差异较大（P＜0.05）。结论：对住院患者实施微生物检验，可有效预防院内感染疾病发生，减轻院内感染程度，提高患者的检验满意度，促使患者尽早恢复健康，临床可进一步推广应用。