随着信息技术的迅猛发展，互联网技术的日趋商业化，电子商务也随之产生，伴随着全球经济与技术的全球化，迎来了一个全新的电子商务网络经济的时代。电子商务以其不可比拟的特点，转变了以往的传统商业经营模式，使得企业的管理模式、支付方法和内部结构也悄然的发生了全新的变化，同时也给全球的社会经济带来了冲击性的突破。研究电子商务企业自营物流体系的建立，对提高电子商务企业经济和社会效益乃至供应链的整体竞争力都具有非常重要的意义。发达国家一直把企业微观物流成本的核算和管理优化作为重点予以强调，我国物流成本的研究也要与国际接轨，其重点也应该由宏观层面向微观企业层面转移。本文结合JS公司的实际，综合考虑到中小型电子商务企业面临的各种状况和现实影响。其次，辅以组织机构的变革为配合，在借鉴国外电子商务管理模式的基础上，构建了JS公司物流体系的可选模式，并给出了该模式在操作过程中应该注意的问题，多方面的对JS公司的物流体系建立的过程和流程进行优化，来提高企业的物流管理水平。