宏基因二代测序技术在少见的肺部感染性疾病中的应用

阿斯 木古, 吐吾 尼克, 玛日 耶姆, 齐曼 古力
1:新疆医科大学第二临床医学院 乌鲁木齐 830054 2:新疆医科大学第二附属医院呼吸科 乌鲁木齐 830054

摘要

摘要：肺部感染（Pulmonaryinfection）是临床中最常见的感染性疾病，由各种病原微生物所引起的终末气道、肺泡及肺间质的炎症。最常见的病因是感染，还可由物理、化学、免疫及药物等因素引起[1]。主要表现为发热、咳嗽、咳痰、胸闷、胸痛，重者可出现呼吸衰竭甚至死亡，是发病率和病死率均较高的一种感染性疾病。本研究中肺部感染特指病原微生物所引起的感染。肺部感染可由多种病原体引起，病原学构成复杂。由于现代医学的迅速发展，随着广谱抗菌药物、糖皮质激素、免疫抑制剂等的广泛应用，各种非典型病原体、广谱耐药病原体以及多重病原体混合感染机率越来越大，肺部感染的人群也有增高趋势。据世界卫生组织报告肺部感染是世界上引起死亡的第四大死因。其中，急性肺部感染更是5岁以下儿童病死的首要原因。据统计2019年包括肺炎和细支气管炎在内的呼吸道感染影响了4.89亿人，且各个年龄段的死亡率均较高，尤其在老年人和婴幼儿[2,3]。近年来，新冠持续大流行愈发加重了呼吸道相关疾病的负担[4]。

关键词

关键词：二代测序；肺部感染；病原学

参考

[1]Azoulay E,et al.Diagnosis of severe respiratory infections inimmunocompromised patients.[J]Intensive Care Med,2020,46:298-314.[2]Torres A, Cilloniz C, Niederman MS, Menéndez R, Chalmers JD,Wunderink RG, van der Poll T. Pneumonia. Nat Rev Dis Primers. 2021 Apr8;7(1):25.[3]Jankauskaite L,R Oostenbrink,Childhood lower respiratory tractinfection:more evidence to do less. [J]Lancet,2021,398:1383-1384.[4]Langford B,J,et al.Bacterial co-infection and secondary infection inpatients with COVID-19:a living rapid review and meta-analysis. [J]ClinMicrobiol Infect,2020,26:1622-1629.[5]Li N,et al.High-Throughput Metagenomics for Identification ofPathoges in the Clinical Settings. [J]Small Methods,2021,5:1-27.[6]李思云.宏基因二代测序技术在诊断不明原因肺部感染中应用价值的研究,2020,南昌大学[J].43.[7]中国研究型医院学会呼吸病学专业委员会,成人呼吸系统感染性疾病病原学诊断专家意见编写组. 成人呼吸系统感染性疾病病原学诊断专家意见[J]. 中华结核和呼吸杂志,2020,43(9):757-764.[8]Gu W,et al.Rapid pathogen detection by metagenomic next-generationsequencing of infected body fluids. [J]Nat Med,2021,27:115-124.[9]胡鹏.宏基因组分析和诊断技术概述[J].中国医药报,2020:3.[10]陆思芬等.基于宏基因组二代测序技术的 840 例疑似肺部感染患者下呼吸道微生物特征分析[J].中国呼吸与危重监护杂志,2022,21(06):403-411.[11]Li N, Li S, Tan W, Wang H, Xu H, Wang D. Metagenomic next-gen-eration sequencing in the family outbreak of psittacosis: the first reportedfamily outbreak of psittacosis in China under COVID-19. Emerg MicrobesInfect. 2021 Dec;10(1):1418-1428.[12]Haidar G, Singh N. Fever of Unknown Origin. N Engl J Med. 2022Feb 3;386(5):463-477.[13]Peng JM, Du B, Qin HY, Wang Q, Shi Y. Metagenomic next-generation sequencing for the diagnosis of suspected pneumonia in immunocompromi-sed patients. J Infect. 2021 Apr;82(4):22-27.[14]Shi C,L,et al.Clinical metagenomic sequencing for diagnosis ofpulmonary tuberculosis. [J]J Infect,2020,81:567-574.[15]Sun W, Lu Z, Yan L. Clinical efficacy of metagenomicnext-generation sequencing for rapid detection of Mycobacterium tuberculosisin smear-negative extrapulmonary specimens in a high tuberculosis burdenarea. Int J Infect Dis. 2021 Feb;103:91-96.[16]Tsitsiklis A,et al.Lower respiratory tract infections in childrenrequiring mechanical ventilation:a multicentre prospective surveillance studyincorporating airway metagenomics. [J]Lancet Microbe,2022,3:284-293.[17]Chiu CY, Miller SA. Clinical metagenomics. Nat Rev Genet. 2019Jun;20(6):341-355.[18]Ramachandran PS, Wilson MR. Metagenomics for neurologicalinfections - expanding our imagination. Nat Rev Neurol. 2020 Oct;16(10):547-556.[19]《中华传染病杂志》编辑委员会.中国宏基因组学第二代测序技术 检 测 感 染 病 原 体 的 临 床 应 用 专 家 共 识 [J]. 中 华 传 染 病 杂志,2020,38(11):681-689.[20]Timsit JF, Ruppé E, Barbier F, Tabah A, Bassetti M. Bloodstreaminfections in critically ill patients: an expert statement. Intensive Care Med.2020 Feb;46(2):266-284.[21]Li N, Cai Q, Miao Q, Song Z, Fang Y, Hu B. High-ThroughputMetagenomics for Identification of Pathogens in the Clinical Settings. SmallMethods. 2021 Jan 4;5(1):2000792.[22]Gu W, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Next-GenerationSequencing for Pathogen Detection. Annu Rev Pathol. 2019 Jan 24;14:319-338